Al respecto, el Gobierno, a través del Ministerio de Justicia, pidió que se rechace la acción de amparo promovida por Highton de Nolasco. El fallo de primera instancia fue favorable a la jueza, y el gobierno decidió no apelar, por lo que continuará luego de diciembre de 2017).
El 3 de mayo de 2017 integró junto a Carlos Rosenkrantz y Horacio Rosatti el voto de la mayoría en la sentencia por la que la Corte Suprema de Justicia declaró que conforme al principio in dubio pro reo la fórmula de cómputo de la pena de la ley 24390 –transcurridos dos años en prisión preventiva, cada año de detención equivale a dos años de prisión, conocido como "dos por uno"- es aplicable a todos los juicios penales sin excepción, incluidos los delitos de lesa humanidad. La ley 24390 estuvo vigente desde 1994 hasta 2001 en que fue derogada.
Rosenkrantz y Highton consideraron que el beneficio de la aplicación de la ley penal más benigna, que surge del Código Penal, resulta extensivo a todos los delitos y que su posición es "aquella internacionalmente aceptada". Por su parte Rosatti sostuvo que "si el legislador no previó un régimen diferenciado que excluyera la aplicación de la ley penal más benigna a los delitos de lesa humanidad no lo puede hacer ahora el juez".